IAI Hasan Jufri Bawean berdiri sejak tahun 2010. Awal berdirinya berbentuk Sekolah Tinggi yang kemudian berubah bentuk menjadi Institut. IAI Hasan Jufri Bawean merupakan lembaga yang berada di bawah naungan yayasan pondok pesantren Hasan Jufri.

Yayasan pondok pesantren Hasan Jufri adalah sebuah Yayasan yang bergerak di bidang pendidikan. Yayasan tersebut memiliki Lembaga formal, yaitu MTs dan MA, serta Lembaga non formal, yaitu pondok pesantren. Yayasan tersebut merupakan Yayasan pendidikan terbesar di pulau Bawean dengan jumlah siswa lebih dari 800 orang.

Oleh sebab itu, Ketua Yayasan pondok pesantren Hasan Jufri, KH. Bajuri Yusuf, Liss. memiliki inisiatif untuk mendirikan perguruan tinggi di pulau Bawean. Maka pada tahun 2009 Ia membentuk TIM pendiri perguruan tinggi yang diisi oleh orang-orang yang berkompeten di bidang pendidikan.

Setelah melakukan usaha keras, akhirnya SK Pendirian perguruan tinggi yang bernama STAI Hasan Jufri Bawean dikeluarkan pada tanggal 10 Juni 2010 oleh Direktur Jendral Pendidikan Islam dengan nomor: Dj.I/347A/2010.

STAI Hasan Jufri Bawean sejak berdiri pada tahun 2010 telah memiliki 2 program studi, yaitu Hukum Ekonomi Syariah (Muamalah) dan Manajemen Pendidikan Islam (MPI). Kemudian pada tahun 2015 menambah 2 prodi lagi, yaitu Pendidikan Agama Islam (PAI) dan Hukum Keluarga Islam (Ahwal al-Syakhsiyyah). Pada tahun 2023 menambah 2 prodi lagi, yaitu Perbankan Syariah dan Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI).

Langkah berikutnya adalah pengajuan alih status dari STAI Hasan Jufri Bawean menjadi IAI Hasan Jufri Bawean. Setelah pergantian struktural pada tahun 2024, maka langkah pertama adalah melanjutkan rencana alih status. Pada tanggal 23 Januari 2025 terbitlah SK Menteri Agama RI No. 79 tahun 2025 tentang izin perubahan bentuk STAI Hasan Jufri Bawean menjadi Institut Agama Islam Hasan Jufri Bawean.

Pada tahun 2025, Rektor IAI Hasan Jufri Bawean kembali mengembangkan lembaga dengan mendirikan program pascasarjana, yaitu program studi Magister Studi Islam. Pengajuan ini kemudian disetujui oleh Kementrian Agama RI dengan dikeluarkan SK Menteri Agama RI No. 676 tahun 2026 tentang izin penyelenggaraan program studi Studi Islam untuk program Magister.